Para tratar de la cierta y verdadera relación del origen y principio destas naciones indianas, a nosotros tan abscondido y dudoso, que para poner la mera verdad fuera necesaria alguna revelacion divina o espíritu de Dios que lo enseñara y diera a entender; empero, faltando esto, será necesario llegarnos a las sospechas y conjeturas, a la demasiada ocasion que esta gente nos da con su bajísimo modo y manera de tratar, y de su conversacion tan baja, tan propia a la de los judíos y gente hebrea, y creo no incurriria en capital error el que lo afirmase, si considerando su modo de vivir, sus cerimonias, sus ritos y supersticiones, sus agüeros y hipocresías, tan emparentadas y propias de las de los judíos, que en ninguna cosa difieren; para probacion de lo qual será testigo la Sagrada Escriptura, donde clara y abiertamente sacaremos ser verdadera esta opinion, y algunas razones bastantes que para ello daremos.
De este modo comienza el primer capítulo de la Historia de las Indias de Nueva-España y islas de Tierra Firme, de fray Diego Durán (1537-1588). En el que también se conoce como Códice Durán, editado en la segunda mitad del siglo XIX, su autor se ocupó de una cuestión planteada desde los tiempos colombinos. Como es sabido, Cristóbal Colón, convencido de haber llegado al destino para el cual partió del puerto de Palos, trató de realizar un ajuste entre sus conocimientos de la geografía ptolomaica, los mapas de Toscanelli y los textos bíblicos. Después de su tercer viaje, el navegante identificó el río Orinoco con uno de los cuatro ríos que regaban el Jardín del Edén. Según creyó, sus pies habían hollado el Paraíso. Las pruebas que avalaban semejante idea se amontonaban. La gran cantidad de oro hallado en Veragua demostraba que se encontraba en la bíblica Ofir, de la que el rey Salomón había extraído el metal con el que construyó el Templo de Jerusalén.
La aparición de un Nuevo Mundo, poblado por unas gentes que desconocían la palabra de Dios, obligaba a buscar una serie de explicaciones y encajes asumibles dentro de la perspectiva propia de los cristianos de la época. Ello explica el hecho de que muchos volvieran sus ojos sobre la Biblia para tratar de encontrar respuestas. Muchas de ellas adquirieron una coloración semítica. Tal fue el caso del novohispano Francisco de Terrazas (¿1543?-¿1600?), hijo del conquistador Francisco de Terrazas, mayordomo de Cortés y autor del poema Nuevo Mundo y Conquista, del que conservan algo más de dos decenas de fragmentos. En él, la trayectoria vital Cortés corre paralela a la del profeta Moisés. Si el hebreo cruzó el Mar Rojo, el español había hecho lo propio con el Océano Atlántico. Don Hernando, al igual que Moisés al destruir el becerro de oro, probable representación del dios egipcio Apis, habría luchado contra la idolatría y los hábitos paganos. Terrazas no fue el único en establecer esta identificación, que también sostuvo Jerónimo de Mendieta (1525-1604) en su Historia eclesiástica indiana, y que seguía vigente a finales del XVIII, cuando, el 8 de noviembre de 1794, el dominico fray José Servando de Mier Noriega y Guerra (1763-1827), durante la homilía por el alma de Cortés, elogió al conquistador por haber "destruido la idolatría, los sacrificios humanos sangrientos y traído y comunicado la luz del Evangelio a los que moraban en las tinieblas de Egipto".
En definitiva, el argumento hebraico, ya fuera para denostar el paganismo mexica, ya para encarecer la labor evangélica cortesiana, estuvo presente desde el Descubrimiento y constituyó una materia de debate entre eclesiásticos adscritos a diversas órdenes religiosas. La dominica, tan permeable a diversos perfiles humanos, fue la que con mayor ímpetu defendió en un primer momento el origen judío de los pueblos prehispánicos. Después de Durán, en 1607, Gregorio García (1556-1627) publicó Origen de los indios en el Nuevo Mundo e Indias Occidentales (1607). En aquella obra se ensayó la siempre tentadora, y no siempre acertada, vía etimológica. Según el fraile, el vocablo Mesico procedería de Mesi, nombre propio de quien guió a los judíos a poblar aquel lugar. Además de las letras, las reliquias habían acudido también en su auxilio, pues, según afirmó, en el Nuevo Mundo se habían hallado "sepulcros debajo de Tierra con Letras Hebreas muy antiguas". Todo ello demostraría que los indios eran descendientes de judíos.
Si los escritores citados sostenían el origen semítico de los indios, el jesuita Acosta, de ascendencia judía, refutó dicha tesis, del mismo modo que despejó la atlántica, sostenida por Zárate y Sarmiento de Gamboa, que pretendían, apoyados en el Timeo de Platón, haber encontrado el origen de aquellos pueblos en la Atlántida. Acosta rechazó la opinión de que los indios descendían de las diez tribus perdidas de Israel. Frente a la idea de que los antecesores de aquellos naturales habrían cruzado el Océano, Acosta sostuvo que llegaron al continente por el norte. El jesuita no fue el único en desmarcase de las posiciones de Terrazas y Mendieta, pues el franciscano fray Juan de Torquemada (c. 1557-1624) también negó esas afirmaciones en su Monarquía Indiana (1615).
Del mismo modo que muchos de los asentados en la Nueva España se desplazaron hacia el Perú al conocerse las riquezas de aquel reino, la vinculación entre Judea y América se movió hacia las tierras meridionales. Benito Arias Montano, por ejemplo, identificó al Perú con el bíblico Ofir. Aunque la perspectiva bíblica siguió teniendo vigencia en los ambientes eclesiásticos, el giro ideológico operado en las últimas décadas del siglo XVIII permitió que la adscripción judía de las naciones prehispánicas se sostuviera en argumentos distantes de la esfera religiosa. En 1837, el aristócrata ingles Edward King (1795–1837), Lord Kingsborough, volvió sobre el tema en su Antiquities of Mexico. Según afirmó, los judíos, movidos por intereses comerciales, habían dejado atrás Alejandría, para cruzar el Océano. Desplegando una imaginativa etimología, Lord Kingsborough fue capaz de arraigar topónimos como Tlapallan o Amaquemacam en el idioma hebreo. El momento era propicio. Casi dos décadas después del Grito de Dolores, México era receptivo a cualquier argumento que permitiera tomar distancias con respecto a su pasado hispano. Sin embargo, en plena elaboración de una historia nacional que pretendió dejar atrás el mundo virreinal, el pretendido origen hebreo de México mostró su debilidad frente al empuje de los planteamientos católicos, primero, e indígenas, después, en los cuales los judíos mexicanos, unos 70.000, son insolubles.